Не менее значительны достижения С.А. Токарева и в изучении этнографии и истории народов Сибири, их расселения и социального строя. Его исследования в этой области завершились публикацией в 1930-1940-х гг. трех книг сводного характера: «Докапиталистические пережитки в Ойротии» (1936), «Очерк истории якутского народа» (1940) и «Общественный строй якутов XVII-XVIII вв.» (1945).